L'attenzione fatimide per il commercio a lunga distanza fu, però, accompagnata da una mancanza di interesse per l'agricoltura e da un abbandono del sistema di irrigazione del Nilo, cosa che ebbe, a lungo termine, dure conseguenze.
 

Fu, probabilmente, proprio questo l'errore maggiore di una dinastia che, per altri versi, si dimostrò di estrema lungimiranza: a differenza di altri governi della zona, ad esempio, i Fatimidi basavano la carriera negli uffici statali più sul merito che sulla casata o la fede, cosicché i membri di altre branche dell'Islam, come i sunniti, avevano le stesse probabilità di essere nominati a incarichi di governo che gli sciiti e la tolleranza era estesa anche ai non musulmani, come i cristiani e gli ebrei, che arrivarono ad occupare alti livelli di governo grazie alle loro capacità, anche se vi furono, in alcuni casi, eccezioni a questo generale atteggiamento di tolleranza, in particolare sotto Al-Hakim bi-Amr Allah, che, a quanto risulta dalle cronache medievali, arrivò a organizzare vere e proprie crociate contro i drusi [3].
Al di là di queste eccezioni, i Fatimidi furono anche noti come grandi mecenati e protettori delle arti e se il picco più alto dello sviluppo figurativo si ebbe nel campo della lavorazione della ceramica, del vetro e dei metalli, molte tracce di architettura fatimida sono ancora oggi rinvenibili al Cairo, con edifici splendidi quali  Al Azhar, la prima università dell'Oriente e forse la più antica della storia, fondata come moschea del comandante fatimide Jawhar agli ordini del califfo Al-Muizz e poi sempre più importante come centro di studi, fino a diventare il cuore dello sviluppo giuridico islamico, e la moschea di Al Hakim [4].
La vita intellettuale in Egitto durante il periodo fatimide raggiunse un grado di progresso mai toccato in precedenza, sia grazie al gran numero di studiosi sia egiziani che stranieri che venivano sovvenzionati direttamente dallo stato, sia per il gran numero di libri disponibili nelle biblioteche di numerose città, sia per gli aiuti che i Califfi fornivano agli studiosi facendoli lavorare nei loro tribunali e agli studenti esentandoli da numerose forme di tassazione.
Forse, comunque, la caratteristica più significativa del governo fatimide fu la libertà data al popolo di professare qualsiasi forma di religione. Secondo l'idea dei califfi del Cairo l'uomo poteva credere in quello che voleva a condizione di non violare i diritti degli altri: per questo i governanti riservarono pulpiti separati per le diverse sette islamiche senza che alcuna censura venisse imposta a scritti e sermoni [5].
Se l'aspetto culturale è fondamentale nell'asserire la grandezza della dinastia fatimide, nondimeno l'aspetto militare risulta altrettanto curato. Come detto, l'esercito fatimide era inizialmente basato sull'apporto delle tribù berbere Kutama, che rimasero a lungo il nerbo delle forze armate ma, dopo la conquista dell'Egitto, si cominciarono ad incorporare anche forze locali (che, comunque, rimasero una parte relativamente piccola del fronte militare) e, soprattutto, un cambiamento fondamentale si verificò quando il califfo fatimide cercò di spingersi in Siria nella seconda metà del X secolo. Qui, infatti, i Fatimidi si trovarono di fronte alle forze turche del califfo abbaside e cominciarono a realizzare i limiti della loro struttura bellica, cosicché, nel corso dei regni di Abu Mansur Nizar al-Aziz Billah e Al-Hakim bi-Amr Allah, i califfi iniziarono ad integrare plotoni turchi e successivamente neri africani (più tardi anche altri gruppi, come gli armeni, vennero impiegati). Le unità dell'esercito erano generalmente separate secondo caratteristiche etniche: i berberi erano di solito l'avanguardia della cavalleria e i fanti leggeri, mentre i turchi erano gli arcieri a cavallo o la cavalleria pesante (nota come "i mamelucchi") e gli africani neri, i siriani e gli arabi in generale agivano come la fanteria pesante e arcieri a piedi. Questo sistema basato sulla separazione etnica dell'esercito, insieme con lo stato di schiavitù parziale di molti dei combattenti, sarebbe rimasto sostanzialmente immutato per molti secoli in Egitto anche dopo la caduta del califfato fatimide. Quest'ultimo, comunque, mise tutta la sua forza militare al servizio del mondo islamico e alla sua difesa ogni volta che esso risultò minacciato, in particolare quando, sotto il regno di Al-Muizz Lideenillah,  l'Impero bizantino, governato da Niceforo, si scontrò con i musulmani a Creta nel 961. Niceforo voleva ricostituire l'Impero romano d'Oriente di Costantino e la realizzazione dei suoi propositi sembrava facilitata dal fatto che i governanti musulmani combattessero tra di loro, tanto che l'imperatore riuscì a spingersi molto addentro alla Siria, fino ai confini dell'Iraq settentrionale ma furono proprio l'esercito e la marina dei Fatimidi a fermare la sua avanzata e a riconquistare i territori perduti [6].

• IL DECLINO

Mentre l'esercito combatteva con successo sui campi di battaglia, però, le divisioni etniche cominciarono ad avere effetti negativi sulla politica interna del califfato in cui, tradizionalmente, l'elemento berbero dell'esercito esercitava una forte influenza sugli affari di stato: quando l'elemento turco cominciò a divenire sempre più potente i due gruppi etnici entrarono in contrasto e, verso il 1020, gravi disordini ebbero luogo anche tra le truppe dei neri africani.
Intorno al 1060, la saldatura provvisorio tra i diversi gruppi etnici all'interno dell'esercito fatimide si sgretolò, mentre l'Egitto veniva colpito da un periodo di grave siccità e carestia. Le risorse in declino accelerarono l'evolversi dei problemi tra le diverse fazioni e iniziò una vera e propria guerra civile, in un primo momento tra i turchi e le truppe africane, che cominciarono a combattersi mentre i berberi spostavano la loro alleanza tra le due parti. Le forze turche dell'esercito fatimide finirono per occupare il Cairo e tenere il califfo in loro potere mentre le rimanenti truppe berbere e le forze sudanesi si davano al saccheggio di altre parti d'Egitto, rendendo la situazione ancora peggiore.
Nel 1072 il califfo fatimide Abu Tamim Ma'ad al-Mustansir Billah, nel disperato tentativo di salvare l'Egitto, chiese aiuto al generale Badr al-Jamali, che era al momento governatore di Acri, in Palestina. Badr al-Jamali condusse le sue truppe in Egitto e riuscì a sopprimere con successo i diversi gruppi di eserciti ribelli, in gran parte turchi ma, anche se il califfato venne salvato dalla distruzione immediata, la ribellione decennale aveva devastato l'Egitto, che non riuscì per lungo tempo a risollevarsi. A seguito del suo aiuto, Badr al-Jamali venne nominato visir del califfo fatimide, diventando il primo dei visir militari che dominarono la politica del tardo califfato fatimide, risultando i veri capi di stato mentre il califfo era ridotto al ruolo di una mera  figura rappresentativa [7].
Nel frattempo, già a partire dal 1040, molti "Zirid" berberi (governatori del Nord Africa sotto i Fatimidi) avevano dichiarato la loro indipendenza dai Fatimidi e chiesto il loro riconoscimento da parte dei califfi abbasidi Baghdad e dopo il 1070 i possessi fatimide sulla costa Levante furono erosi prima dalle invasioni turche e poi dalle Crociate, cosicché il territorio del califfato si ridusse fino a consistere nel solo  Egitto.
Infine, mentre il sistema politico fatimide era già in piena decadenza e i generali delle aree periferiche erano praticamente indipendenti, nel 1169, Nur ad-Din inviò il generale Shirkuh a prendere in ostaggio l'ultimo visir fatimide, Shawar: quando due mesi dopo aver conquistato il Cairo, Shirkuh morì il comando passò a suo nipote, Saladino, che diede inizio al Sultanato ayyubide di Egitto e Siria [8].